Әл-Фараби атындағы ҚазҰУ-да 25 ғылыми журнал бар, оның ішінде 6 халықаралық ағылшын тілді журналдар, 17 ҚазҰУ хабаршылары, «Ашық жүйелер эволюциясы мәселелері» журналы және КазҰУ-дың серіктестігімен шығарылатын «Новые исследования Тувы» журналы.
Қазіргі таңда ҚазҰУ-дың 4 ғылыми журналы, атап айтқанда «International Journal of Mathematics and Physics», «Physical Sciences and Technology», «ҚазҰУ Хабаршысы. Математика, механика, информатика сериясы» және "Новые исследования Тувы" Scopus деректер базасында индекстеледі.
6 ғылыми журнал Web of Science деректер базасында индекстеледі. Бұл журналдар: «International Journal of Biology and Chemistry», «International Journal of Mathematics and Physics», «ҚазҰУ Хабаршысы. Химия сериясы», «ҚазҰУ Хабаршысы. Физика сериясы», «ҚазҰУ Хабаршысы. Математика, механика, информатика сериясы» және «Новые исследования Тувы.
ҚР ҒЖБМ Ғылым және жоғары білім сапасын қамтамасыз ету комитетінің ғылыми еңбектің негізгі нәтижелерін жариялау үшін ұсынылған 21 журналының тізіміне барлық 17 хабаршы және «International Journal of Biology and Chemistry», «International Journal of Mathematics and Physics», «Physical Sciences and Technology» және «Ашық жүйелер эволюциясы мәселелері» журналы кіреді.