В КазНУ им. аль-Фараби функционируют 25 научных журналов, из них 6 международных англоязычных, 17 вестников КазНУ, «Журнал проблем эволюции открытых систем» и журнал "Новые исследования Тувы", соиздателем которого является КазНУ.
На сегодняшний день 4 научных журнала КазНУ, а именно «International Journal of Mathematics and Physics», «Physical Sciences and Technology», «Вестник КазНУ. Серия математики, механики и информатики» и "Новые исследования Тувы", индексируются в базе данных Scopus.
6 научных журналов индексируются в базе данных Web of Science. Это журналы: «International Journal of Biology and Chemistry», «International Journal of Mathematics and Physics», «Вестник КазНУ. Серия химическая», «Вестник КазНУ. Серия физическая», «Вестник КазНУ. Серия математики, механики и информатики» и "Новые исследования Тувы".
В перечень Комитета по обеспечению качества в сфере науки и высшего образования МНВО РК, рекомендуемых для публикации основных результатов научной деятельности, входит 21 журнал: все 17 вестников и журналы «International Journal of Biology and Chemistry», «International Journal of Mathematics and Physics», «Physical Sciences and Technology» и Журнал проблем эволюции открытых систем.